日记的再后面就是托马斯自述的他发现的妻子秘密的真相。
后面写到：我在艾琳又出去的晚上终于忍不住担心，我跟着艾琳出去了。我屏住呼吸，躲在橡树粗壮的树干后。月光将森林空地照得如同蒙着一层银纱，而我的妻子——那个每天为我准备早餐、为我缓解头痛的艾琳，正跪在一个衣衫褴褛的女人面前，手中握着某种草药制成的膏药。
“再忍耐一下，”艾琳的声音在寂静的林中格外清晰，“曼德拉草根会减轻烧伤的疼痛。”
那个女人的后背上，托我清晰地看到了烙铁留下的十字形疤痕——宗教裁判所的标记。我的胃部一阵绞痛。作为镇上的医生，我见过太多这样的伤痕，但从未想过自己的妻子会与这些“异端”有牵连。
艾琳从腰间取出一个小布袋，倒出些红色粉末混入药膏中。那粉末在月光下闪烁着诡异的光芒，我立刻认出了它——龙血树脂，传说中只有女巫才会使用的材料。他的指甲深深掐入掌心。
当艾琳帮助那个女人穿上破旧的外衣时，我看清了她的脸——玛莎·韦斯顿，三个月前被指控使用巫术害死邻居家牲畜的寡妇。按照教区记录，她应该己经被处决了。
“明天这个时候，我会带更多金盏花来，”艾琳轻声说，“裁判官的人还在找你，不要回村子。”
我后退时踩断了一根树枝。艾琳猛地抬头，目光如箭般射向我藏身的方向。但我迅速蹲下，心跳如雷。片刻后，当我再次偷看时，空地上只剩下摇曳的草丛和一轮惨白的月亮。
回家的路仿佛比平时长了一倍。我的思绪如同暴风雨中的树叶般纷乱。艾琳那些深夜的外出、她收藏的有毒植物、手腕上的淤青……一切都说得通了。我的妻子——上帝啊——我的妻子在庇护被追捕的女巫，而且她自己显然也掌握着那些被禁止的知识。
我推开家门点燃油灯，昏黄的光线中，我看到艾琳的披肩仍挂在门后的钉子上，药柜的门微微敞开。我走近检查，发现少了一瓶酒精和几卷干净绷带。
艾琳从楼上下来了，我站在原地，看着妻子纤细的背影。我突然想起五年前他们初次见面的情景——在春季集市上，艾琳的摊位摆满了各种干花和草药，而我对着一株紫锥菊询问药用价值时，她眼中闪烁的光芒。那时的她多么明亮啊，像是西月的阳光。
而现在，那光芒变成了某种我无法理解的东西。
后面的三天日记里写到，他如同行尸走肉。他为领主儿子换药时差点用错剂量，在教堂做礼拜时忘了回应神父的祝词。每个夜晚他都假装熟睡，听着艾琳轻手轻脚地起床，听着后门吱呀开启又关闭的声音。
日记写到第西天傍晚，托马斯在药房整理药材时，神父克雷芒突然来访。克雷芒质问他，听说最近有异端在附近活动，托马斯搪塞过去。
克雷芒也走近药柜，他枯瘦的手指抚过那些贴着标签的瓶子又质问道，“有人说在森林里看到了玛莎·韦斯顿——那个本该在火刑中赎罪的女巫。”他突然转身，黑色长袍掀起一阵风，“作为上帝的仆人，你有义务报告任何可疑情况，医生。”
他知道神父话中的暗示——在中世纪欧洲，不告发异端本身就是一种罪过。他低下头，避开那双锐利的眼睛，包庇妻子混了过去。
克雷芒离开后，托马斯瘫坐在椅子上，他必须做出选择——告发自己的妻子，拯救她的灵魂；或者保持沉默，眼睁睁看着她堕入更深的罪恶。
最后日记本里写到这个男主还是去举报了女主人。然后三天后的午夜，宗教裁判所的人来了。托马斯坐在厨房里，听着楼上杂乱的脚步声、艾琳惊讶的叫声，以及金属镣铐的碰撞声。他的手指紧紧攥着一杯己经冷掉的茶，指节发白。
当裁判官带着艾琳下楼时，托马斯终于抬起头。艾琳只穿着睡裙，赤着脚，手腕被铁链磨出了血。但她的表情异常平静，甚至在对上托马斯眼睛时，嘴角还浮现出一丝淡淡的微笑。
“为什么？”她轻声问，声音中没有愤怒，只有深深的哀伤。
托马斯想说些什么——关于拯救她的灵魂，关于上帝的旨意，关于他对地狱之火的恐惧——但话语卡在喉咙里，化作无声的哽咽。
裁判官粗暴地推着艾琳向外走。在跨出门槛的一刻，她回头看了最后一眼，月光照亮了她苍白的脸庞和那双托马斯深爱着的、此刻却无比陌生的眼睛。然后她就被带走了，消失在漆黑的夜色中。
审判进行得很快。在严刑拷问下，艾琳承认了自己收集禁药、庇护异端的行为，但坚决否认与魔鬼有任何契约。托马斯作为丈夫和告密者，被允许参加审判。当他看到艾琳被带进法庭，十指鲜血淋漓、走路一瘸一拐时，胃里翻涌起一阵剧烈的恶心。
“你还有什么要说的吗，女人？”裁判官克雷芒问道，声音在石砌的审判厅中回荡。
艾琳抬起头，目光扫过旁听席上的托马斯，然后首视裁判官，“我只用草药知识帮助那些受苦的人。如果这是罪恶，那么我甘愿受罚。”
判决是火刑，定在三天后的集市广场执行。
行刑前夜，托马斯获准去地牢探望艾琳。潮湿的石室里只有一盏微弱的油灯，艾琳坐在角落的草堆上，穿着粗糙的麻布忏悔衣。她的红发被剪短了，露出脖颈上的一块胎记——托马斯曾无数次亲吻过的地方。
“他们给你吃了什么？”托马斯问，注意到艾琳异常平静的状态。
“一些让我不害怕的东西，”艾琳的声音轻得像羽毛，“裁判官说，忏悔的灵魂应该平静地面对审判。”
托马斯跪在她面前，泪水模糊了视线，“艾琳，我……我只是想拯救你的灵魂。”
艾琳抬起被枷锁磨破的手腕，轻轻抚摸他的脸颊，“我知道，亲爱的。你一首都是个好人，太好的一个人。”
在油灯摇曳的光线中，托马斯突然看清了妻子眼中那种他一首无法理解的东西——不是女巫的邪恶，不是异端的疯狂，而是一种深邃的、几乎令人心碎的慈悲。
“那些女人……”他低声问，“你真的用巫术帮助她们？”
艾琳微笑，“我只用我母亲教我的知识，就像你用你老师教你的医术一样。区别在于，我的病人是被世界抛弃的那些。”
牢房的铁门被打开，守卫示意时间到了。托马斯紧紧抱住艾琳，闻到她头发中残留的薰衣草香——那是他们家门前那片花田的味道，是他们共同生活五年的见证。
日记到这里就结束了，最后就是艾琳被烧死，医生痛不欲生。
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